每年綜合所得稅退稅流程都分成三批進行,首批退稅將在7月31日啟動,如果是直撥退稅的民眾,當天就會入帳;第二批退稅落在10月31日;最後一批則會在隔年1月20日。

符合退稅主要是「可扣抵扣項目」,像是「投資抵減稅額」、「重購自用住宅扣抵稅額」、「大陸地區已繳納所得稅可扣抵稅額」。另一種則是有預扣所得稅,部分民眾可能有勾選「薪資所得預扣所得稅」,依規定須預扣稅款,但報稅時有新增扶養或其他抵減項目,導致最終的應納稅金額小於先前已扣繳的金額,就會產生退稅。

民眾若想符合首批退稅,有兩種方式,一是利用網路申報、線上登錄或電話語音確認稅額試算的民眾,都會直接納入首批退稅對象;而若是以書面方式將稅額試算送至國稅局的民眾,則要在5月10日前送達「戶籍所在地的稽徵機關」,才會納入首批退稅。

為鼓勵民眾多使用網路申報,綜所稅申報期間採「二維條碼」或「人工申報」者,一律列為第二批退稅。以書面方式回傳稅額試算書的民眾,如果在5月10日前送出,但沒有送到「戶籍所在地的稽徵機關」,而是送到其他縣市,一樣要等到第二批退稅。

至於逾期申報期間以二維條碼、人工申報或書面方式確認稅額試算的退稅案件,則要等到明年才能退稅。另民眾申報或確認稅額時,若沒有應退稅金額,後經稽徵機關核定為退稅案件,也會在第三批退稅。

財政部提供的退稅方式主要分成兩種,一是直撥入帳,民眾在申報的時候,只要填妥本人、配偶或申報受扶養親屬於金融機構或郵局的存款帳戶,或勾選沿用上年度結算申報繳(退)稅成功的存款帳戶,退稅日到時就會自動入帳。另一種則是寄發退稅憑單,民眾再到單子上列出的付款單位領取現金。

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